崇祯的朝堂上达成剿贼平叛的定议后，孔有德在山东的祸乱也就到头了。前任山东巡抚徐从治在崇祯五年（）四月十六日战死后，继任者朱大典已于五月初在青州就职。两个月来朱巡抚在青州也没闲着，他已经调集了一万多兵马，随时准备去武装接管地盘。
七月十日，得知招抚圣旨被孔有德当成废纸的崇祯，为挽回皇权的颜面也做出了关键决策，向山东巡抚朱大典、关宁总兵金国奇下达进兵登莱剿灭叛*的作战命令。
金国奇从关外带来的是名精锐辽东*，虽然这个兵数并不算多，但带兵来的是祖大弼、祖宽以及吴襄吴三桂父子等人，都是资深的砍人专业户。
七月二十日，明*副将牟文绶、何维忠等人率领的先头部队，在山东平度与叛*交战，干掉了叛*五大头目之一的陈有时，但何维忠也在战斗中阵亡。
八月十一日，朱大典、金国奇率大*抵达昌邑，然后兵分中、南、北三路向莱州进发。
中路取道灰埠，关宁总兵金国奇率辽东*为先锋，川营总兵邓玘率步兵为后队，共一万两千兵。南路取道平度，由昌平总兵陈洪范、义勇总兵刘泽清、密云副总兵方登化带队，共马步兵六千人。北路取道海庙，由参将王之富、王武纬等人带队，共三千兵。同时传令莱阳方面的游击徐元亨等人，命令他们率兵从叛*侧后向莱州出击。
八月十九日，中路先锋部队抵达距离莱州城只有五十里的沙河，辽东兵将望着近在咫尺的孔有德叛*，知道收获的时候到了。不过，他们并没有急着出战，而是找到巡按监*御史谢三宾，向他问了一个问题。
大致的意思是：兄弟们以前都是在关外砍人，那边的规矩是开打之前先把赏银说清楚，所以想问一问山东这边打仗是个什么规矩，银子是怎么一个赏法？
谢三宾是浙江宁波人，也有着宁波人的精明，他的回答是：总共三份赏银都准备好了，解莱州之围给两万，打下*县给两万，打下登州给两万，这三份就是全部的赏银，你们可以拿去分掉，但是别再另外拎着人头找我讨赏，我发赏银是不认这个的。
这就很对脾气了，带兵的将官估计都不大喜欢按斩获人头数论赏的做法，那样的话实在是平白增添了许多无谓的工作量。如果把刀往脖子上招呼，割断气管也就把敌兵报销了，完全没有继续砍断颈部各种角肌、骨肌以及骨头的必要，而且砍完了还得把敌人脑袋提在手上，整个做法真的很像傻子。
所以谢三宾的赏法着实让他们心头一轻，总算可以轻轻松松打上一仗了。
最先出战的是参将祖宽，据后来东莱人毛霦所写《平叛记》的记述，当时祖宽身边只带了五百人，而孔有德则带着三千人。祖宽率部冲到距敌一里的距离时，大概是见没把对方吓退，便自己掉头后撤，但正好遇上副将靳国臣率后队赶到，于是掉回头开打。
《平叛记》从莱州城内守*的视角，记述了当天城外的景象：正午时分，突见孔有德叛*不知何故向东狂奔，然后又听到城南方向响声如雷，并看到高达数十丈像小山头一样的烟团。到了下午，又见到西南方向尘土冲天，并再次看到叛*骑兵向东落荒逃窜，同时见到无数*旗出现在福禄山上。
城内守*不知道城外发生了什么事情，以为是叛*在演诱兵计诱骗他们出战，非常生气，城头大炮纷纷向叛*开炮以发泄愤怒。
一直到第二天，城头守*的愤怒仍然没有发泄完，大炮仍是见到城外出现*兵就瞄过去猛轰，以至于城外明*都无法靠近城门，最后误会解除，才知道叛*已经在半夜逃走。
从二月初三被围到八月二十日解围，莱州城近七个月的坚守，为它赢得了铁城的称誉。解围之后，崇祯随即拨发两万银两，向参战明*兑付赏银。
八月三十日，明*在*县白马大败叛*，斩敌一万三千人，俘敌八百人，余众一部分坠海溺亡，一部分逃往登州。*县是今天的山东龙口市，登州府在今天的山东蓬莱市，两地相邻，距离极近，明*在收复*县的第二天便齐集登州城外。
明代登州城位于山东半岛的最北端，建在三面环山一面临海的险要之地，城墙全部用砖石筑成，墙高三丈五尺（11.67米）、厚两丈（6.67米），护城河宽两丈（6.67米）、深一丈（3.33米），城头上还修建了大量的炮台。当初如果不是耿仲明做内应开城门，孔有德搞不好现在还睡城墙根呢。
而且登州城不仅有陆城，还建有水城为“卫星城”，即使拼死攻上了陆城，守*还可以退守水城，用陆兵攻水城更没戏，就算调水师上去攻都不好使。叛*的防守情况是孔有德守南城、耿仲明守西城、李九成守东城、毛承禄守水城。
明代登州水城朱大典、金国奇知道登州城高墙厚，强攻等于送死，最后商量了一下，决定绕城修围墙，先围上一个月再攻。
到了十月，明*试着攻了几次城，但都毫无进展。期间，叛*头目李九成也多次出战，双方各有胜负。接下去双方又僵持了一个月，李九成在十一月初三出城偷袭，但事前他的计划已被城内降兵泄露给明*，明*设下埋伏干掉了他。
从那之后，城内叛*无人再敢出战，用《明史》的话来说就是“贼乃晓夜哭”，没白天没黑夜地哭。之所以哭，主要的原因是城内乏食，唯一有胆量出城的李九成死后，叛*就只能“杀人为粮，熬人为烛”了。
相反的是，虽然围困登州已经耗时两个多月，但向来以急性子著称的崇祯，这次却对参战兵将表现出了罕见的耐心和信任。
农历十一月的山东已经很冷了，崇祯挂念前线将士的御寒问题，特地赏赐了大量的冬衣，并表示虽然登州尚未克复，但是对解救莱州、收复*县有功的人，要先行叙功授奖。随后，朱大典升副都御使，金国奇升都督同知，吴襄恢复总兵官之职，邓玘、陈洪范、祖大弼、祖宽、靳国臣等大小将校也都得到了升赏。
就这样又过了一个多月，明*在登州城外度过了崇祯六年（年）的春节，期间金国奇病逝，吴襄递补。明*围城已近五个月，不仅尝试了各种攻城方法，就连派人潜入城中联络内应的法子也试过，甚至劝降都劝过好多回了。虽然城内叛*已经过上了吃人肉的日子，但孔有德等人仍旧死不投降。
之所以不投降，除了他们作恶太多深感罪孽深重等心理因素外，另一个重要的因素就是登州水城的海上退路尚未被完全封锁。虽然皮岛总兵*龙已经在旅顺、鹿岛等地严阵以待，但明*水师在登州近海岛屿据点的争夺上落入下风，近海的制海权仍掌握在叛*手中。
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